۱. فقدان انسجام مفهومی

سند الگوی پایه در پنج بخش مبانی، آرمان‌ها، رسالت، افق و تدابیر تنظیم شده است اما چرایی این تقسیم‌بندی و انسجام میان آن‌ها مشخص نیست. به نظر می‌رسد این سند پایه فاقد یک نظریۀ مبنایی منسجم است و صرفاً در آن مباحثی پراکنده مطرح شده است که در برخی سطوح گزاره‌هایی بسیار کلی و در برخی سطوح گزاره‌هایی جزئی و در حد سیاست بیان شده است. در هر یک از بخش‌های این سند پایه، از یک طرف تلاش شده است به‌منظور حفظ جامعیت سند، مؤلفه‌های متعددی شمرده شود و از سوی دیگر، به‌دلیل ممکن‌نبودن چنین امری، به برخی از مشهورات و مسلمات اشاره شده است و مابقی مؤلفه‌ها کنار گذاشته شده است. سند ارائه شده درواقع فهرستی ناقص از مفاهیم و کلیدواژگان است که می‌توان دائماً و بدون هیچ قاعدۀ خاصی، به این مؤلفه‌ها اضافه کرد، برخی از آن‌ها را در برخی دیگر ادغام کرد، برخی را در دسته‌هایی کلی‌تر طبقه‌بندی کرد و معیارهای مختلفی را برای این منظور درنظر گرفت. در هر حال،  به نظر نمی‌رسد تدوین چنین سند پایه‌ای نیاز به هشت سال پژوهش و همفکری داشته باشد.

۲. اقتصادسیاسی سند

آنچه بیش از خود سند و سند پایۀ الگو اهمیت دارد، اقتصاد سیاسی الگو است. یعنی نحوۀ ارتباط ساختاری، فرهنگی و مدیریتی این اسناد با نظام حکمرانی. آن‌چه پس از ارائۀ سند پایه به شدت مشهود است این است که این سند نتوانسته است در ساختار حکمرانی اعم از نظامات علمی، نظامات اداری و نظامات تصمیم‌گیری وجاهتی را کسب کند. لذا از مهمترین بحران‌هایی که این سند با آن مواجه است، بحران هویت و بحران اثربخشی است. به شدت بیم این می‌رود که ورای محتوای سند،‌ عدم مقبولیت آن، سند را صرفا تبدیل به متنی تجملی و البته بی‌اثر در نظام حرکت جمهوری اسلامی کند. کما این که این اتفاق در مورد بسیاری از اسناد پیشین از جمله سند مهندسی فرهنگی، نقشه جامع علمی و ... افتاده است. این بحران زمانی جدی تر می‌شود که این سند را محصول هزاران ساعت کار اساتید برتر حوزۀ علوم انسانی و اجتماعی معرفی کنیم.

۳. روش‌شناسی سند پایه

در استخراج گزاره‌های سند پایه، ورای مختصات شبکه‌ای و محیطی کشور و تعاملات بسیار پیچیدۀ محیط اجتماعی، سیری خطی و صرفا مفهومی برای سند در نظر گرفته شده که حرکت جمهوری اسلامی از مبادی خداشناسی تا تدابیر را در مسیری یکه و منحصر به فرد دنبال می‌کند. این بحران در بخش تدابیر سند عمیق تر می‌شود. یعنی جایی که گزاره‌های تدابیر از هرگونه نظم، ساختار، تشکیلات و ذهنیت مشخص و مدونی عاری است.

۴. جهت‌داربودن گزاره‌ها

برخی از گزاره‌های سند به‌ویژه در زمینۀ مبانی، با رویکرد خاصی نگاشته شده است و اندیشمندان اسلامی نظرات متفاوتی در این زمینه‌ها دارند. به‌عنوان مثال می‌توان به مناقشات مربوط به نظریۀ تکامل، نظریۀ فطرت، نظریۀ منطقةالفراغ، حدود و ضوابط احکام ثابت و متغیر در اسلام، رابطۀ عقل و تجربه و دانش بشری با نقل و وحی و روایت، رابطۀ ارزش‌ها و حقائق و بسیاری دیگر از گزاره‌ها اشاره کرد که بدون دقت کافی و برگرفته از نظریات مختلف و بعضاً متعارض در کنار هم جمع شده‌اند. درواقع، رویکردی که سند بایستی دارای مبنای مشخص باشد، ظاهراً در تدوین سند پایه پذیرفته شده است ولی به‌ناچار، مبنایی که برخی از متنفذین در مرکز الگو آن را پذیرفته‌اند و درصد بالایی از جامعه علمی کشور با این مبنا تفاهمی ندارند به عنوان مبنای سند معرفی شده است و پرواضح است که سند به همین مبنا نیز پایبندی ندارد. حال این پرسش جدی مطرح است که آیا مسیر پیشرفت با چنین مبانی هم‌خوانی دارد؟

۵. نکاتی ناظر به تدابیر سند

در برشمردن تدابیر، گزاره‌های اقتصادی، سیاسی و فرهنگی لابلای یکدیگر و بدون ترتب و اولویت خاصی آمده‌اند. به نظر می‌رسد بیش از یک نظم واحد (که البته امکان‌پذیر هم نیست)، چانه‌زنی‌های افراد مختلف منجر به چیدمان این گزاره‌ها پشت سر یکدیگر شده است. گزاره‌های موجود در بخش تدابیر، گونه‌ای از سیاست، راهبرد، خط مشی و مأموریت هستند و درعین‌حال، به‌طور مشخص هیچ کدام از این‌ها نیستند. مشخص نیست منظور از تدابیر در این الگو چیست. همان‌طور که قبلاً اشاره شد، بخش تدابیر سند نیز ملغمه‌ای از گزاره‌های نامنسجم است و مشخص نیست چه دلیلی بر انتخاب گزاره‌های موجود و عدم انتخاب سایر گزاره‌ها وجود دارد.